Diersoorten die gebonden zijn aan bossen nemen sinds 1990 in aantal toe. Met name broedvogels en zoogdieren profiteren van ontwikkelingen die in deze periode in gang zijn gezet, zoals het ouder worden van de bossen. In holen broedende vogels als de boomklever en de bonte vliegenvanger, en zoogdieren zoals de hazelmuis en de rosse woelmuis, nemen hierdoor in aantal toe. Sommige bosvlinders zijn de laatste decennia vooruitgegaan. Zo gaat een typische bossoort als de grote weerschijnvlinder de laatste jaren weer flink vooruit. Andere soorten doen het aanmerkelijk slechter. Zo kwam de kleine ijsvogelvlinder vroeger algemeen voor, maar nu veel minder.

Sinds 1960 is 60 tot 70 procent van de 27 kenmerkende broedvogels van het Nederlandse boerenland verdwenen. Het gaat om een achteruitgang van naar schatting 4 miljoen broedparen in 1960 naar 1,5 miljoen broedparen in 2017. Enkele soorten zijn in grote delen van Nederland bijna niet meer te vinden. Sinds 1960 zijn naar schatting 750 duizend tot 1,1 miljoen broedparen van de veldleeuwerik verdwenen. Ook de patrijs, de zomertortel, de ringmus (alle drie afgenomen met meer dan 90 procent) en de grutto (afname bijna 70 procent) zijn tegenwoordig schaarse verschijningen op het boerenland.

Diersoorten van het stedelijk gebied zijn in de periode 1990–2017 gemiddeld in aantal gedaald. Er zijn wel verschillen per soortgroep. De trend van dagvlinders in de stad is over de gehele periode stabiel, terwijl de aantallen broedvogels als groep met méér dan de helft achteruit is gegaan. Van zes vogelsoorten is de populatie stabiel, van 13 soorten is de populatie afgenomen, zoals van de huismus en de spreeuw. Slechts één van de 20 soorten stadsvogels neemt in het stedelijk gebied in aantal toe: de huiszwaluw.

De fauna die kenmerkend is voor zoetwater en moeras is sinds 1990 met 37 procent toegenomen. Het betreft 141 soorten vissen, broedvogels, amfibieën, libellen, zoogdieren en vlinders. Er zijn 74 soorten vooruitgegaan, 38 soorten gingen achteruit. Het herstel hangt vooral samen met een verbeterde kwaliteit van de zoete wateren. Van de verschillende soortgroepen van zoetwater en moeras zijn met name de libellen vooruitgegaan. Deze groep heeft ook duidelijk geprofiteerd van de verbeterde waterkwaliteit. De laatste tien jaar is de trend gestabiliseerd.

Veel kenmerkende diersoorten van de heide zijn sinds 1990 achteruitgegaan, zoals broedvogels en dagvlinders op de heide. De meeste soorten reptielen houden zich staande of nemen toe in aantal. Van de 20 typische heidesoorten zijn 7 soorten vooruit gegaan en 13 achteruit. Van de broedvogels is het korhoen nagenoeg verdwenen, de duinpieper en de klapekster zijn zelfs verdwenen. Sommige soorten zijn echter toegenomen, waaronder de nachtzwaluw en de roodborsttapuit.

De Nederlandse Living Planet Index geeft de gemiddelde trend in populatie-omvang weer van 357 in Nederland voorkomende soorten broedvogels, reptielen, amfibieën, dagvlinders, libellen, zoogdieren en zoetwatervissen. In de periode 1990–2017 is deze index met 6 procent toegenomen. In de laatste tien jaar is de LPI niet veranderd.

De toename is vooral toe te schrijven aan een stijgende trend onder zoogdieren (126 procent), vogels (15 procent), reptielen (97 procent) en libellen (79 procent). De amfibieën namen over de hele periode toe met 6 procent, maar nemen af sinds 2006. Vlinders en vissen gaan achteruit, met 49 procent en 1 procent.